O rozwoju i przyszłości tej starej osady neolitycznej, położonej nad Wierzycą, zadecydował klasztor cystersów, osadzony tu w latach 1274-1276 i odtąd przez 550 lat związany z tą miejscowością. Zakonnicy wznieśli tu w wiekach XIII-XVI monumentalne budowle, w tym imponujący ogromem, gotycki, trójnawowy kościół bazylikowy, jeden z najwspanialszych pomników architektury Polski północnej, otoczony czterema ośmiobocznymi basztami narożnymi, ze szczególnie pięknym gotyckim portalem w północnej fasadzie. Wnętrze kościoła stanowi istny skarbiec dzieł sztuki od gotyku do neogotyku ze wspaniałą snycerką stali gotyckich i renesansowych. Ze świątynią od południa połączona jest podkowa dawnych pomieszczeń klasztornych z wirydarzem pośrodku. Od północy zwraca uwagę gotycki kościół Bożego Ciała. Klasztor niszczyły napady husytów w 1433 r., wojny trzynastoletnia i m. in. szwedzkie w XVII w. Opaci gościli w swych murach niektórych królów, jak Zygmunta III Wazę, Władysława i Jana III Sobieskiego.
W wyniku I rozbioru w 1772 r. klasztor stracił ponad 20 swoich wsi, a w 1823 r. uległ kasacji. W rok później stał się siedzibą biskupa chełmińskiego i jest nią do dzisiaj. W 1780 r. Pelplin liczył 318 mieszkańców. Miejscowość przekształciła się w XIX w. w prawdziwą ostoję polskości. Wielkie zasługi dla kultury polskiej miały: Collegium Marianum, jedyna średnia szkoła w zaborze z polskim językiem wykładowym, polska drukarnia, wydająca polskie książki i polską gazetę "Pielgrzym", wyższe seminarium duchowe, a także polskie organizacje społeczne, w tym polska organizacja młodzieżowa (1913). W 1833 r. Pelplin pozyskał Biblię Gutenberga.
W dniu 1 stycznia 1931 r. miejscowość otrzymała prawa miejskie. W czasie okupacji hitlerowskiej mocno ucierpiała ludność polska. Wymordowano np. prawie wszystkich miejscowych księży. Po wojnie rozbudowały się zakłady przemysłowo - usługowe z cukrownią na czele. Powstały nowe osiedla mieszkaniowe, nowy ośrodek zdrowia, dworzec kolejowy i inne obiekty. Miasto przekroczyło 7 tys. mieszkańców. Miasto korzysta z połączeń kolejowych (od 1852) i autobusowych PKS